Calitatea și diversitatea habitatelor acvatice pot contribui la refacerea populațiilor de pești pe râul Gilort și constituie un aspect foarte important, deoarece fiecare specie de pești are nevoi diferite în ceea ce privește habitatul. Porcușorul de nisip, dunărița și chișcarul au nevoie de zone cu apa mai adâncă și liniștită, în timp ce mreana vânătă are nevoie de ape repezi cu substrat de pietriș. Pentru îmbunătățirea calității habitatelor și diversificarea acestora se desfășoară acțiuni de reconstrucție ecologică pentru îmbunătățirea morfologiei și caracteristicilor fizice ale albiei prin stabilizarea malurilor pe anumite porțiuni, precum și prin amenajarea de zone cu apă mai adâncă și lin curgătoare. Prin aceste acțiuni se creează condiții extrem de necesare pentru reproducerea speciilor de pești, pentru hrănire, refugiu și odihnă.