Unul din documentele ce au stat la baza măsurilor de reconstrucție ecologică a fost raportul intitulat Studiul stării de conservare a populației de pești de pe râul Gilort. Studiul s-a axat în special pe specile de interes comunitar și anume: mreana vânătă, dunărița, chișcarul, porcușorul de nisip, porcușorul de șes și boarța.

Probele au fost recoltate din 21 de secțiuni de prelevare (13 în situl Natura 2000, 8 în afara lui) dispuse astfel încât să acopere toate tipurile de microhabitate existente de-a lungul gradientului amonte – aval. Ele au inclus atât râul Gilort, cât și afluenți ai acestuia (Galbenul, Blahnița). Pentru verificarea condițiilor de habitat, au fost urmăriți următorii parametri abiotici și fizico-chimici: sedimente dominante, conformația malurilor, lățimea luciului de apă, pH, oxigen dizolvat, conductivitate, temperatura apei.

Capturarea indivizilor s-a făcut prin electronarcoză reversibilă, conform autorizației de pescuit științific obținută în prealabil de la ANPA. Indivizii capturați au fost determinați, iar apoi realizate măsurători biometrice (lungime standard, până la baza înotătoarei caudale), toate exemplarele fiind ulterior eliberate în zona de unde au fost pescuite.

Indicatorii cantitativi ai stării populației piscicole au fost:

• Lista speciilor de pești capturați/stație;
• Numărul de specii de pești capturați/stație;
• Numărul total de exemplare capturate/stație;
• Frecvența (F) SPIC – numărul de probe în care apare specia dată raportată la numărul total de probe;
• Abundența numerică (An) SPIC – numărul de indivizi ai unei specii din proba analizată raportat la numărul total de indivizi aparținând tuturor speciilor;
• Dominanța (D) SPIC.

Pentru stabilirea statutului de conservare a speciilor de interes comunitar, au fost considerați următorii parametri: aria de repartiție a speciei, statutul populației speciei, statutul habitatului speciei și perspective viitoare ale speciei.

Numărul total de specii de pești pescuite în campanii a fost de 18, patru dintre ele prezente în Fișa Standard, iar două în Directiva Habitate, fiind pescuite un total 3646 de exemplare. Pentru boarță au fost semnalate doar trei exemplare în afara sitului, iar în cazul chișcarului două exemplare juvenile, astfel că pentru cele două specii nu s-au calculat parametrii populaționali. Starea de conservare a fost evaluată XU – starea de conservare din punctul de vedere al populației speciei este necunoscută, dar nu este nici într-un caz favorabilă (este nefavorabilă – inadecvată sau nefavorabilă – rea). Pentru celelalte patru specii de interes, situația a fost următoarea:

• Mreana vânătă a fost reprezentată de un număr de 1866 de exemplare, starea sa de conservare fiind evaluată ca fiind favorabilă;
• Porcușorul de șes a fost prezent într-un număr de 39 de exemplare, stare de conservare – nefavorabil inadecvată;
• 56 de exemplare de dunăriță au fost pescuite în zona studiată, stare de conservare – nefavorabil inadecvată;
• Porcușorul de nisip a totalizat un număr de 31 de exemplare în areal, stare de conservare – nefavorabil inadecvată.

Raportul identifică și o serie de presiuni și amenințări la adresa speciilor și habitatelor din situl Natura 2000 Râul Gilort. Printre acestea, cele mai importante sunt extragerea de nisip și pietriș, modificarea structurii cursurilor de apă, procese naturale biotice și abiotice.